O CQMED é uma parceria público-privada e recebe apoio financeiro e bolsas de pesquisa de diversas fontes governamentais e do setor privado.
FAPESP
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo
EMBRAPII
Associação Brasileira de Pesquisa e Inovação Industrial
CAPES
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
CNPQ
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
FAEPEX
Fundo de apoio ao ensino, à pesquisa e extensão
ACHÉ
Laboratórios Farmacêuticos
Eurofarma
Primeira multinacional farmacêutica brasileira
Promega
Bioquímica e Biologia Molecular
Mendelics
Análise genômica
Agilent
Tecnologias
Structure Drug Discovery Coalition
Descoberta de medicamentos orientada para a malária e a tuberculose
Hilab
Serviço de Laboratório Remoto
Merck
Ciências da Vida
Finep
Financiadora de Estudos e Projetos